Il nucleo principale del patrimonio del MAT fu istituito negli anni Venti del XX secolo per lascito testamentario di Giovanni Sant’Andrea (1848-1920), ultimo esponente di un’illustre famiglia dell’aristocrazia clusonese, che donò alla comunità di Clusone la propria raccolta d’arte.

Nel testamento si legge “La mobilia della stanza de’ miei Genitori col letto artistico Fantoni e tutti gli altri oggetti e mobili, tutti i quadri della mia casa nessuno eccettuato debbono servire a costituire un museo Artistico e Pittorico in Clusone. Per detto museo sarà adibito un appartamento della mia Casa n.2 in Piazza Sant’Andrea.” Nella collezione Sant’Andrea confluì anche la cospicua raccolta della famiglia Gallizioli, tramite un legato di Enrichetta, madre di Giovanni.

Una consistente parte della raccolta è costituita in gran parte da “ritratti di famiglia” oltre che da nature morte, tele di soggetto mitologico e di carattere devozionale, tra cui un’insolita e affascinante Annunciazione dipinta da un capace artista del seicento lombardo e una raffinata Carità Romana (1645 c.) del lucchese Pietro Ricchi, di cui la parrocchiale di Clusone – intitolata a Santa Maria Assunta – conserva la grande pala con la Madonna e il Bambino, Tobiolo e l’Angelo, Sant’Orsola e due Dimesse, databile alla metà del seicento.

Sono inoltre esposte opere dei principali artisti clusonesi, alcuni dei quali furono protagonisti nelle vicende artistiche lombarde e nazionali del proprio tempo.